ฐานข้อมูล SILVA สำหรับ ribosomal RNA (rRNA)

SILVA คือฐานข้อมูล ribosomal RNA (rRNA) ที่มีความสำคัญอย่างยิ่งในด้านจุลชีววิทยาและชีววิทยาโมเลกุล โดยเป็นการทำงานร่วมกันระหว่างกลุ่มงานด้านจีโนมิกส์ของจุลชีพ (Microbial Genomics Group) ณ สถาบัน Max Planck Institute for Marine Microbiology ในเมืองเบรเมน ประเทศเยอรมนี, ภาควิชาจุลชีววิทยาที่มหาวิทยาลัยเทคนิคแห่งเมืองมิวนิก (Technical University of Munich) และ Ribocon

ความสำคัญและโครงสร้างของฐานข้อมูล

ฐานข้อมูล SILVA ทำหน้าที่เป็นแหล่งรวบรวมลำดับเบสของ rRNA ซึ่งเป็นเครื่องมือสำคัญในการระบุชนิดของสิ่งมีชีวิตและศึกษาความหลากหลายทางชีวภาพของจุลชีพ โดยเน้นไปที่หน่วยย่อยของไรโบโซม (ribosomal subunits) สองประเภทหลัก ได้แก่:

• Small Subunit (SSU): ประกอบด้วย 16S rRNA (สำหรับแบคทีเรียและอาร์เคีย) และ 18S rRNA (สำหรับยูคาริโอต)
• Large Subunit (LSU): ประกอบด้วย 23S rRNA และ 28S rRNA

ข้อมูลเชิงสถิติและการใช้งาน

ตัวอย่างเช่น ในการปล่อยข้อมูลเวอร์ชัน 117 (มกราคม 2014) ฐานข้อมูลนี้ได้รวบรวมลำดับเบสของหน่วยย่อยขนาดเล็ก (SSU) มากกว่า 4,000,000 ลำดับ และหน่วยย่อยขนาดใหญ่ (LSU) มากกว่า 400,000 ลำดับ

ข้อมูลเหล่านี้ถูกจัดเตรียมในรูปแบบไฟล์ที่รองรับการทำงานร่วมกับซอฟต์แวร์ ARB ซึ่งเป็นสภาพแวดล้อมการวิเคราะห์ข้อมูลทางพันธุกรรมที่ได้รับความนิยมในการสร้างแผนภูมิวิวัฒนาการ (phylogenetic trees) และการวิเคราะห์ลำดับเบส