28S ribosomal RNA ทำความรู้จักกับโครงสร้างและบทบาทสำคัญในเซลล์ยูคาริโอต

28S ribosomal RNA หรือ 28S rRNA คือ RNA สายยาวที่ทำหน้าที่เป็นโครงสร้างหลักของหน่วยย่อยขนาดใหญ่ (Large Subunit - LSU) ของไรโบโซมในไซโทพลาซึมของเซลล์ยูคาริโอต (Eukaryotic cells) ซึ่งถือเป็นส่วนประกอบพื้นฐานที่พบได้ในเซลล์ทุกชนิดของสิ่งมีชีวิตในกลุ่มยูคาริโอต

โครงสร้างและลักษณะทางกายภาพ

ขนาดของ 28S rRNA จะมีความแตกต่างกันไปตามชนิดของสิ่งมีชีวิต โดยในพืชจะถูกเรียกว่า 25S rRNA และในสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมจะเรียกว่า 28S rRNA ด้วยเหตุผลนี้จึงมักมีการใช้ชื่อเรียกแทนว่า 25S–28S rRNA เพื่อให้ครอบคลุมทั้งสองกลุ่ม

ในเชิงโครงสร้าง 28S rRNA จะรวมตัวกับ 5.8S rRNA ที่ด้าน 5' ซึ่งทำหน้าที่เป็นคู่ขนาน (homologue) ของ 23S rRNA ในโปรคาริโอต และ 16S rRNA ในไมโทคอนเดรีย

ขนาดและลักษณะเฉพาะ

• ความยาว: โดยทั่วไปมีความยาวประมาณ 4,000 ถึง 5,000 นิวคลีโอไทด์ (nt)
• ปรากฏการณ์ "hidden break": ในยูคาริโอตบางชนิด มีการตัดแบ่ง 28S rRNA ออกเป็นสองส่วนก่อนที่จะนำมาประกอบเข้าด้วยกันในไรโบโซม ซึ่งปรากฏการณ์นี้เรียกว่า "hidden break"

การนำไปใช้ในด้านวิวัฒนาการ (Phylogeny)

ยีนที่ทำหน้าที่ถอดรหัสเป็น 28S rRNA จะถูกเรียกว่า 28S rDNA ซึ่งการเปรียบเทียบลำดับเบสของยีนเหล่านี้ถูกนำมาใช้ในการวิเคราะห์ทางโมเลกุลเพื่อสร้างแผนภูมิวิวัฒนาการ (Phylogenetic trees) ของสิ่งมีชีวิตหลากหลายกลุ่ม เช่น โปรติสต์, รา, แมลง, แมงมุม, ทาร์ดิเกรด และสัตว์มีกระดูกสันหลัง

ฐานข้อมูลที่เกี่ยวข้อง

มีฐานข้อมูลหลายแห่งที่ให้บริการข้อมูลการจัดเรียงลำดับเบส (alignments) และคำอธิบาย (annotations) ของลำดับ LSU rRNA เพื่อใช้ในการเปรียบเทียบเชิงวิชาการ ได้แก่:

• RDP (Ribosomal Database Project): ฐานข้อมูลโครงการไรโบโซม
• SILVA: ฐานข้อมูลยีน ribosomal RNA