BacDive ฐานข้อมูลความหลากหลายของแบคทีเรียและอาร์เคียที่ใหญ่ที่สุดในโลก

BacDive (The Bacterial Diversity Database) คือฐานข้อมูลระดับโลกที่รวบรวมข้อมูลสายพันธุ์ของแบคทีเรียและอาร์เคียที่มีมาตรฐานสูงสุดและมีขนาดใหญ่ที่สุดในโลก โดยเป็นแหล่งทรัพยากรที่ครอบคลุมข้อมูลหลากหลายด้าน ไม่ว่าจะเป็นด้านอนุกรมวิธาน, สัณฐานวิทยา, สรีรวิทยา, ข้อมูลการสุ่มตัวอย่างและสิ่งแวดล้อม รวมถึงข้อมูลลำดับพันธุกรรม

โครงสร้างและการบริหารจัดการ

BacDive ถูกสร้างขึ้นจากข้อมูลที่ผ่านการคัดกรองอย่างละเอียดจากคอลเลกชันวัฒนธรรมเชื้อ (Culture Collections) โดยได้รับการดูแลและโฮสต์โดย Leibniz Institute DSMZ - German Collection of Microorganisms and Cell Cultures GmbH ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของโครงสร้างพื้นฐานดิจิทัล DSMZ Digital Diversity

นอกจากนี้ BacDive ยังเป็นสมาชิกของ de.NBI (เครือข่ายโครงสร้างพื้นฐานด้านไบโออินฟอร์แมติกส์ของเยอรมนี) และ ELIXIR โดยในปี 2022 ได้รับการแต่งตั้งจาก Global Biodata Coalition ให้เป็นทรัพยากรข้อมูลชีวภาพหลักระดับโลก (Global Core Biodata Resource - GCBR) และในปี 2023 ได้รับการยอมรับให้เป็นทรัพยากรข้อมูลหลักของ ELIXIR

เนื้อหาภายในฐานข้อมูล

BacDive เริ่มเปิดตัวครั้งแรกในเดือนเมษายน 2012 เพื่อสร้างมาตรฐานและเปิดเผยข้อมูลสายพันธุ์จากคอลเลกชันวัฒนธรรมเชื้อและสิ่งพิมพ์ทางวิชาการ โดยในปัจจุบัน (ข้อมูล ณ เดือนธันวาคม 2024) ฐานข้อมูลนี้ได้ขยายตัวอย่างมหาศาล ดังนี้:

• จำนวนสายพันธุ์: มีข้อมูลของสายพันธุ์จุลชีพถึง 99,392 สายพันธุ์ ซึ่งรวมถึงสายพันธุ์ต้นแบบ (Type Strains) จำนวน 21,168 สายพันธุ์
• จำนวนข้อมูล: มีรายการข้อมูลมากกว่า 2,709,516 รายการ ครอบคลุมฟิลด์ข้อมูลมากกว่า 1,000 รายการ
• การจัดหมวดหมู่ข้อมูล: ข้อมูลของแต่ละสายพันธุ์จะถูกแบ่งออกเป็นหมวดหมู่หลัก ได้แก่:
  • ชื่อและการจัดจำแนกทางอนุกรมวิธาน
  • สัณฐานวิทยา
  • เงื่อนไขการเพาะเลี้ยงและการเจริญเติบโต
  • สรีรวิทยาและการเผาผลาญ
  • ข้อมูลการแยกเชื้อ, การสุ่มตัวอย่าง และข้อมูลสิ่งแวดล้อม
  • ข้อมูลด้านความปลอดภัย
  • ข้อมูลลำดับพันธุกรรม

นอกจากนี้ ตั้งแต่ปี 2023 เป็นต้นมา BacDive ได้เพิ่มส่วน "Genome-based predictions" ซึ่งเป็นข้อมูลการทำนายคุณภาพสูงที่สร้างขึ้นโดยใช้โมเดลการเรียนรู้ของเครื่อง (Machine Learning) ที่ฝึกฝนด้วยข้อมูลที่ผ่านการคัดกรองของ BacDive เอง

การเข้าถึงข้อมูล

ผู้ใช้สามารถเข้าถึงข้อมูลใน BacDive ได้ผ่าน 3 ช่องทางหลัก:

1. GUI (Graphical User Interface): หน้าเว็บที่ใช้งานง่าย มีระบบช่วยเติมคำอัตโนมัติ (Auto-completion) สำหรับค้นหาด้วยชื่อ, หมายเลขคอลเลกชัน, NCBI Tax ID หรือหมายเลขลำดับ INSDC นอกจากนี้ยังมีระบบการค้นหาขั้นสูง (Advanced Search) ที่สามารถค้นหาได้ถึง 130 ฟิลด์ข้อมูล
2. RESTful Web Service: สำหรับการเข้าถึงข้อมูลแบบอัตโนมัติ (ต้องลงทะเบียนฟรี) โดยมีซอฟต์แวร์ไคลเอนต์ในภาษา Python และ R เพื่อสนับสนุนการใช้งาน API
3. SPARQL Endpoint: สำหรับการสืบค้นข้อมูลเชิงโครงสร้างที่มีความซับซ้อน

การเชื่อมโยงกับฐานข้อมูลอื่น

สำหรับข้อมูลที่อยู่นอกเหนือขอบเขตของ BacDive จะมีการเชื่อมโยงไปยังฐานข้อมูลอื่นๆ เช่น:

• ภายในโครงสร้าง DSMZ: BRENDA, List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), MediaDive, SILVA, Straininfo และ PhageDive
• ฐานข้อมูลภายนอก: EBI, ChEBI, NCBI และ MicrobeAtlas